目前，組培培養室廣泛應用于科研單位和花木生產企業中，是生物技術應用中，重要的儀器或環境之一，但是近年來發現，雖然組培技術應用比較多，但是組培培養室培苗的數量和質量都沒有得到較大的提高，究其原因，我們發現，其中一個最大的影響因素就是組培培養室的污染。
實際應用中，組培培養室的污染原因主要包含以下幾個方面：
若污染菌類是零星分散在培養基中，則可確定是人為引起的污染，比如培養基滅菌不徹底；超凈工作臺長時間不換濾網，致使凈化能力降低；接種用具滅菌不徹底；操作不正確，動作生硬緩慢，開瓶時間太久，接種臺擺放物品雜亂，操作中心在人體范圍之內；接種室長期不 滅菌，菌類太多等。若污染菌類是從材料周圍長起，則可證明是植物材料帶菌引起。可能是接種用具滅菌不徹底，接種時材料被污染；或者是未及時發現污染苗，接種過程交叉感染等。若菌類從材料培養基以上部分長起，而不是從培養基先長起，且發生在5天以后，則說明是材料帶的內生菌。若從培養基以下開始長菌，發生時間較早，且有從里向外的趨勢，則說明是切口引起的污染，原因可能是滅完菌后，未剪去兩個切口或雖剪但器具帶菌。
組培培養室是應用組培技術的一個重要條件，只有利用好這個環境，才能幫助培育出更好的苗木，用于農業領域，所以在應用組培培養室的時候，要盡量避免外界環境或認為因素對其的污染，從而達到培苗的最好效果，幫助提高培苗的數量和質量。