組織蛋白酶涉及：
癌癥，組織蛋白酶D是一種有絲分裂原，“它會減弱衰變趨化因子的抗腫瘤免疫反應，從而抑制樹突細胞的功能”。組織蛋白酶B和L參與基質降解和細胞侵襲。
中風
創傷性腦損傷
阿爾茨海默病
關節炎
已發現埃博拉病毒、組織蛋白酶B和在較小程度上的組織蛋白酶L是病毒進入宿主細胞所必需的。
慢阻肺
慢性牙周炎
胰腺炎
幾種眼部疾病：圓錐角膜、視網膜脫離、年齡相關性黃斑變性和青光眼。
