酶消化法是比較常用的純化方法，不僅對貼壁細胞可行，能利用上皮細胞和成纖維細胞對胰蛋白酶的耐受性不同，使兩者分開，達到純化的目的，對貼壁細胞與半貼壁及粘附細胞間的分離純化也是十分有效的。
(1)上皮細胞與成纖維細胞的分離純化
兩者在胰蛋白酶的作用下，由于成纖維細胞先脫壁，而上皮細胞要消化相當長的時間才脫壁，特別是在原代細胞初次傳代和早期傳代中兩種差別尤為明顯，故可采用多次差別消化方法將上皮細胞和成纖維細胞分開，方法如下：
①采用常規消化傳代方式 將0.25%胰蛋白酶注入培養瓶內兩次，每次加1mL(25mL培養瓶)來回輕搖1-2次，使胰蛋白酶流過所有細胞表面，然后倒掉。
②蓋好瓶塞(或蓋)，將培養瓶放在倒置顯微鏡下觀察，發現纖維樣細胞變圓，部分脫落，立即加入2mL有血清的培養液終止消化。
③用彎頭吸管輕輕吹打纖維樣細胞生長的區域(可事先在鏡下用記號筆在培養瓶上劃出記號)。吹打時不要用力，也不要吹打上皮細胞生長區域。吹打結束后，再用少量培養液漂洗一遍，然后加入適量培養液于瓶內繼續培養，也可重復上述操作再進行一次，隔幾日后或下次傳代時，再進行上述操作，經過幾次處理，就可將成纖維細胞去除或將兩者分開。
(2)骨髓基質肌樣細胞的純化
在血液細胞和骨髓細胞靜置培養時，常有許多肌樣細胞和骨髓基質細胞貼壁生長，但也有許多淋巴細胞、單核細胞、粒細胞粘附其上，種類混雜，鑒于粘附細胞貼壁不牢固，也可用酶消化法使粘附細胞脫壁分離，以達到骨髓基質細胞或血液中肌樣細胞與淋巴細胞分開和純化的目的。其方法如下：
①待基質或肌樣細胞基本形成單層時，倒去舊液，加入無鈣、鎂PBS漂洗，并用力搖動后倒掉，反復洗2~3次后，一方面可洗去血清和鈣鎂離子以助酶消化，另一方面又可使大部分粘附細胞被洗掉，但仍留有不少粘附細胞。
②將0.25%胰蛋白酶注入培養瓶內，每瓶1mL(25mL培養瓶)，輕輕搖動讓胰蛋白酶流過細胞表面，作用1~2分鐘后再輕輕搖動1~2次后倒去。
③蓋好瓶蓋，在普通顯微鏡下觀察，發現基質或肌樣細胞由于貼壁較牢固未脫壁，而原先粘附的細胞已浮起，此時再加2mL PBS洗一次倒掉，盡量除去粘附細胞。
④加入含血清的培養基終止消化，再繼續用力搖動后倒掉，加入培養基繼續培養。隔幾日或下次傳代前，再進行上述操作，經過幾次處理和傳代培養后就可將粘附細胞去除，將兩者分開，達到使骨髓基質細胞或肌樣細胞純化的目的。