細胞凋亡的檢測方法，從大類上還可以分為早期檢測、晚期檢測和mRNA水平的檢測。
一、早期檢測
1、PS（磷脂酰絲氨酸）在細胞外膜上的檢測
2、細胞內氧化還原狀態改變的檢測
3、細胞色素C的定位檢測
4、線粒體膜電位變化的檢測
二、 晚期檢測
1、TUNEL
2、LM-PCR Ladder （連接介導的PCR檢測）
當凋亡細胞比例較小以及檢測樣品量很少（如活體組織切片）時，直接瓊脂糖電泳可能觀察不到核DNA的變化。CLONTECH公司的
ApoAlert?LM-PCR Ladder Assay Kit通過LM-PCR（ligation-mediated
PCR），連上特異性接頭，專一性地擴增核小體的梯度片段，從而靈敏地檢測凋亡時產生的核小體的梯度片段。此外，LM-PCR
檢測是半定量的，因此相同凋亡程度的不同樣品可進行比較。
上述兩種方法都針對細胞凋亡晚期核DNA斷裂這一特征，但細胞受到其它損傷（如機械損傷，紫外線等）也會產生這一現象，因此它對細胞凋亡的檢測會受到其它原因的干擾。
3、Telemerase Detection （端粒酶檢測）
三、mRNA水平的檢測
用定量PCR技術來檢測基因表達水平。