基因污染(Genetic pollution)指對原生物種基因庫非預期或不受控制的基因流動。
外源基因通過轉基因作物或家養動物擴散到其他栽培作物或自然野生物種并成為后者基因的一部分，在環境生物學中我們稱為基因污染。基因污染主要是由基因重組引起的。
