按結構分類
根據結構的同源性，可以將細胞因子分為四種類型：
四α螺旋束家族：其三維結構有四束α螺旋。這個家族又分為三個亞家族：
白細胞介素-2亞族。這一亞族成員最多。它還包括一些非免疫性的細胞因子如紅細胞生成素和血小板生成素。
干擾素亞族
白細胞介素-10亞族
白細胞介素-1家族：主要包括白細胞介素-1和白細胞介素-18。
白細胞介素-17家族
胱氨酸結類
按臨床和實驗功能可以把一些細胞因子分為：
I型輔助T細胞（Th1）細胞因子，如干擾素伽瑪。
II型輔助T細胞（Th2）細胞因子，如白細胞介素-4，白細胞介素-13，白細胞介素10和轉化生長因子β等。這兩類細胞因子傾向于相互抑制。