1.細胞株進行STR鑒定時,進行比對、參考的數據庫有哪些?
答:國外數據庫有ExPASy (Cellosaurus) 、ATCC (American type culture collection) 、DSMZ (Deutsche Sammlung von Mikrorganismen and Zellkulturen) 、JCRB (Japanese Collection of Research Bioresources) 等;國內的數據庫可以參考國家實驗細胞資源共享服務平臺 (NICR) 。
2.目前已知有的細胞或是錯誤標記 (misidentified) 或被交叉污染 (cross-contaminated) ,從源頭上已變成問題細胞 (Problematic cell line) 。那有沒有數據庫或者細胞庫能夠查閱這類細胞,從而避免在實驗中使用?
答:國際細胞系認證委員會 (International Cell Line Authentication Committee, ICLAC) 建立的 The Register of Cross-Contaminated/Misidentified Cell Lines 數據庫,可以為科研人員提供相應幫助。另外,ExPASy數據庫對于此類問題細胞都做出了明確的文字說明,也可以提示科研人員避免使用。

3.是否有關于細胞株鑒定的標準或指南?
答:有相關的標準或指南。例如ICLAC、歐洲認證細胞培養物收藏中心 (EuropeanCollection of Authenticated Cell Cultures, ECACC) 這些機構都建立了關于細胞株鑒定的建議和指南。ATCC的標準發展組織 (Standards Development Organization, SDO) 頒布了ASN-0002標準《Authentication of Human Cell Lines: Standardization of STR Profiling》。
4.采用STR分型技術鑒定細胞株時,需要比對多少個位點才能確認細胞身份?
答:根據ANSI/ATCC ASN-0002標準,采用STR分型對細胞株進行鑒定時,比對8個核心位點以及Amelogenin位點即可確認細胞身份。這8個核心位點包括D5S818、TPOX、CSF1PO、TH01、vWA、D7S820、D16S539及D13S317。而第三方檢測機構的試劑盒檢測位點可能不止這9個位點,蘇州鑒達 (Genetic Testing Biotechnology, GTB)的人源細胞試劑盒可以檢測多達23個位點。

5. 采用STR分型技術鑒定細胞株時,如何判定細胞株是否存在交叉污染?
答:以人源細胞為例,由于人為二倍體,因此正常人源細胞株的STR位點峰圖,為單峰(純合子)或雙峰(雜合子)。當分型圖譜中,如果多個位點同時出現多等位基因(一般為3峰或4峰)時,則考慮細胞株存在交叉污染。
6.長時間傳代,細胞株會發生變化嗎?
答:隨著不斷傳代、分裂生長,細胞會不斷積累遺傳變化和突變,從而影響細胞行為、生長特征、遺傳特性等。這就是為什么必須定期對細胞株進行鑒定的重要原因。
7.凍存的細胞可以直接進行細胞株鑒定嗎?
答:可以直接對凍存細胞進行細胞株鑒定。但要保證凍存細胞的數量至少為1x10的5次方、可以提取到足夠DNA。
8.目前,哪些期刊要求投稿時需要提交細胞株鑒定報告?
答:Nature Publishing Group中Nature、Nature Biotechnology等9個子刊;American Association for Cancer Research Publications中Cancer Discovery、Cancer Immunology Research等8個子刊;BioMed Central Journals中BMC Biotechnology、BMC Cancer等24個子刊;Bentham Science Publications中Anti-Cancer Agents in Medicinal Chemistry、Current Biotechnology等16個子刊;American Association for Cancer Research (AACR) Publications中Cancer Discovery、Cancer Immunology Research等8個子刊;Endocrine Society Publications中Endocrine Reviews Endocrinology、Molecular Endocrinology等5個子刊;Society for Endocrinology Publications中Endocrine-Related Cancer、Journal of Endocrinology等3個子刊;以及BioTechniques、Cancer (Journal of the American Cancer Society)、Carcinogenesis、Cell Biochemistry and Biophysics、Cell Biology International、Clinical Orthopaedics and Related Research、In Vitro Cellular & Developmental Biology-Animal、International Journal of Cancer、Investigative Ophthalmology and Visual Science (IOVS)、Journal of Molecular Biology、Journal of the National Cancer Institute、Molecular Vision、Neuro-Oncology、PLOS ONE、The Open Breast Cancer Journal (Bentham Open)、Placenta AACR Journals等期刊。
以上期刊名稱并不詳盡。總之,目前越來越多的期刊都有此要求。因此,小編建議大家,文章投稿前最好進行細胞株鑒定。

9.細胞株STR鑒定周期有多長時間?
答:細胞株STR鑒定從DNA提取到圖譜呈現,實際上幾個小時就可以完成。但第三方鑒定機構的周期一般會久一點,有的需幾個工作日,有的需要一周甚至更長的時間。蘇州鑒達 (Genetic Testing Biotechnology, GTB) 一般1-2個工作日便可完成鑒定、出具報告。
10.如何盡可能避免細胞發生交叉污染?
答:使用無菌操作技術和無菌器材;對細胞株進行正確標記和凍存;細胞傳代、進行細胞實驗時規范操作;從可靠權威的單位采購細胞株;定期對細胞株進行細胞株鑒定。
參考文獻:
1. American Type Culture Collection Standards Development Organization Workgroup ASN-0002, Cell line misidentification:the beginning of the end. Nat Rev Cancer. 2010 Jun;10(6):441-8.
2. Masters JR et al., Short tandem repeat profiling provides an international reference standard for human cell lines. Proc Natl Acad Sci U S A. 2001;98(14):8012±8017.
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