1. 機械法
1.1 組織搗碎
將材料配成稀糊狀液，放置于筒內約1/3體積，蓋緊筒蓋，將調速器先撥至慢處，開動開關后，逐步加速至所需速度。一般用于動物組織、植物肉質種子、柔嫩的葉芽等，轉速可高達10000rpm/M以上。由于旋轉刀片的機械切力很大,制備一些較大分子如核酸則很少使用
1.2 勻漿器
先將剪碎的組織置于管中，再套入研桿來回研磨，上下移動，即可將細胞研碎。勻漿器的研缽磨球和玻璃管內壁之間間隙保持在十分之幾毫米距離。制作勻漿器的材料，除玻璃外，還可以用硬質塑料、不銹鋼、人造熒光樹脂等。
此法細胞破碎程度比高速組織搗碎機為高，適用于量少和動物臟器組織。
存在的問題：較易造成堵塞的團狀或絲狀較小的革蘭氏陽性首以及有些亞細胞器，質地堅硬，易損傷勻漿閥，也不適合用該法處理。
1.3 研缽
多用于細菌或其他堅硬植物材料，研磨時常加入少量石英砂，玻璃粉或其他研磨劑，以提高研磨效果。
1.4 細菌磨
是一種改良了的研磨器，比研缽具有更大的研磨面積，而且低部有出口。操作時先把細菌和研磨粉調成糊狀，每次加入一小勺，研磨20-30秒即可將細菌細胞完全磨碎。
2. 化學及生物化學法
2.1自溶法
在一定PH和適當的溫度下，利用組織細胞內自身的酶系統將細胞破碎的方法。此過程需較長時間，常用少量防腐劑如甲苯、氯仿等防止細胞的污染。
2.2 酶溶法
利用各種水解酶，如溶菌酶、纖維素酶、蝸牛酶、半纖維素酶、脂酶等，將細胞壁分解，使細胞內含物釋放出來。有些細菌對溶菌酶不敏感，加入少量巰基試劑或8摩爾尿素處理后，使之轉為對溶菌酶敏感而溶解。
2.3 化學滲透法
某些有機溶劑(如苯、甲苯)、表面活性劑、金屬螯合劑、變性劑等化學藥品都可以改變細胞壁或膜的通透性從而使內合物有選擇地滲透出來。其作用機理；化學滲透取決于化學試劑的類型以及細胞壁和膜的結構與組成。
3. 物理法
3.1 反復凍溶法
原理：因突然冷凍，細胞內冰晶的形成及胞內外溶劑濃度的突然改變而破壞細胞。
方法：將待破碎的細胞在-20度以下冰凍，室溫融解，反復幾次，由于細胞內冰粒形成和剩余細胞液的鹽濃度增高引起溶脹，使細胞結構破碎。
3.3 急熱驟冷法
將材料投入沸水中，維持85-90分鐘，至水浴中急速冷卻，此法可用于細菌及材料。