利用酶反應,分解破壞細胞壁上特殊的鍵,從而達到破壁的目的。優點:專一性強,發生酶解的條件溫和,缺點:酶水解費用較貴,一般只適用于小規模的實驗室研究。溶菌酶是應用最多的酶,它能專一地分解細胞壁上糖蛋白分子的α-1,4糖苷鍵,使脂多糖解離,經溶菌酶處理后的細胞移至低滲溶液中使細胞破裂。