PCD在器官發生和組織重塑中發揮至關重要的作用。其中眾所周知的就是高等脊椎動物中手指(腳趾)的形成。在胚胎發育期間借助于指間的細胞凋亡,我們才有了手指而不是鴨蹼。凋亡是形成四肢的主要細胞死亡機制,在小鼠中促凋亡基因的失活可部分地保留趾間組織。在果蠅中,凋亡對腿關節的形成以及分節形態發育起關鍵性的作用。