HE染色
又稱蘇木素-伊紅染色法，其中蘇木素是Hematoxylin，簡稱H，伊紅是Eosin，簡稱E，這是是普通光學顯微鏡觀察與鑒別細胞凋亡與細胞壞死的一種染色方法。
這種方法適用范圍廣泛，對組織細胞的各種成分都可著色，便于全面觀察組織構造，而且適用于各種固定液固定的材料，染色后不易褪色可長期保存。經過HE染色，細胞核被蘇木素染成藍紫色，細胞質被伊紅染色呈粉紅色。
檢驗原理
蘇木素是堿性染料，藍紫色，可以使細胞核等著色。被蘇木素著色的結構本身為酸性，具有嗜堿性(Basophilic)。
伊紅是酸性染料，粉紅色。可以將大多數細胞的細胞質染成紅色。被伊紅著色的結構本身為堿性，具有嗜酸性(Acidophilic)。不易被蘇木素和伊紅著色的結構具有嗜中性(Neutrophilic)。
MASSON染色
Masson染色是最為常用的結締組織染色法，主要用于膠原纖維和肌纖維的鑒別染色。對酒精性肝硬化/壞死后性肝硬化及各型肝炎導致的小葉匯管區纖維組織增生程度的差別和腎臟疾病的病理診斷具有重要價值。
檢驗原理
利用兩種或三種陰離子染料混合一起或先后作用完成染色，與陰離子染料分子大小和組織的滲透性有關。根據組織不同的滲透性能，選擇分子大小不同的陰離子的染料進行染色，便可把不同組織成份顯示出來。
油紅O脂肪染色法
顯示組織內的脂肪，油紅O為脂溶性染料,在脂肪內能高度溶解,可特異性的使組織內甘油三酯等中性脂肪著色。
天狼星紅染色
由于膠原呈堿性，與酸性染料起強烈反應。天狼星紅就是一種很強的酸性染料，它可以和膠原纖維反應使膠原纖維產生明顯的雙折光現象。天狼星紅染色膠原纖維呈紅色，胞核呈綠色，余呈黃色。偏光顯微鏡可以分辨不同的纖維類型。
尼氏染色
在神經元細胞體中細胞質是尼氏顆粒，即能夠代表粗面內質網并在很多神經元中產生特異的斑點狀嗜堿性表現的嗜堿性顆粒。
尼氏體的數量會隨著生理狀態的變化而變化，因此常用一些堿性染料如硫堇、亞甲藍、甲苯胺藍和焦油紫等染料染成紫藍色以觀察細胞變化。
LFB染色
勞克堅牢藍(LuxolFastBlue,LFB)屬于銅－酞箐染料，在酒精溶液中具有與髓鞘磷脂結合的染色特性。應用LFB髓鞘染色可以很好地顯示出神經組織的髓鞘結構。
免疫組化染色
免疫組化是利用抗原與抗體特異性結合的原理，通過化學反應使標記抗體的顯色劑(熒光素、酶、金屬離子、同位素) 顯色來確定組織細胞內抗原(多肽和蛋白質)，對其進行定位、定性及定量的研究。
根據抗原-抗體結合方式
直接法
間接法
按標記物的性質
免疫熒光技術（熒光素如FITC）
免疫酶技術（酶如HRP）
免疫膠體金技術（膠體金）
親和免疫組化（親和物如卵白素）
放射自顯影技術（同位素）