在研究自噬相關蛋白時，需對其進行定位。由于自噬體與溶酶體、線粒體、內質網、高爾基體關系密切，為了區別，常用到一些示蹤蛋白在熒光顯微鏡下來共定位：
Lamp-2：溶酶體膜蛋白，可用于監測自噬體與溶酶體融合。
LysoTrackerTM 探針：有紅或藍色可選，顯示所有酸性液泡。
pDsRed2-mito：載體，轉染后表達一個融合蛋白（紅色熒光蛋白+線粒體基質定位信號），可用來檢測線粒體被自噬掉的程度（Mitophagy）。
MitoTraker探針：特異性顯示活的線粒體，熒光在經過固定后還能保留。
Hsp60：定位與線粒體基質，細胞死亡時不會被釋放。
Calreticulin（鈣網織蛋白）：內質網腔