當需要進行細胞共培養、細胞趨化、細胞遷移以及細胞侵襲等研究的時候，需要在培養板上放入小室。小室內通稱上室，培養板內則稱下室，小室的底部有通透性的膜，一般常用聚碳酸酯膜（PC）；根據實驗需求選擇不同孔徑的聚碳酸酯膜, 并且經過不同處理，就可以進行上述的實驗。因為聚碳酸酯膜具有通透性，下層培養液中的誘導性成分或是趨化因子，可以影響到上室內的細胞功能，不同廠家對小室的命名也不同，如Transwell、Boyden chamber、Millicell或是Thincert。
小室操作處理的步驟
Step1.選擇水凝膠類型包被小室：
水凝膠主要分為兩種：動物來源（如基質膠、膠原蛋白膠、纖維蛋白膠）或是合成型水凝膠（如Vitrogel
3DTM）。以24孔板的小室為例，取70-100μl（體積量不需太多，剛好將聚碳酸酯膜浸濕即可）稀釋好的水凝膠，均勻涂抹在小室內的膜進行包被，37℃放置1-3
h左右(時間取決于選用的水凝膠類型)。
▲細胞遷移和侵襲實驗圖示
Step2.制備細胞懸液:
將進行實驗的細胞消化下來，終止消化后離心棄去培養液，用PBS洗1-2次，用不含血清培養基將細胞重懸，并進行細胞計數，調整細胞密度至5×104/ml
-5×105/ml (根據實驗決定細胞接種數量)。
Step3.接種細胞：
取100μl細胞懸液加入24孔板上層小室，24孔板下室一般加入600μl含20%FBS的培養基，避免下層培養液和小室間氣泡產生，氣泡會減弱下層培養液的趨化作用，如果不小心出現氣泡，需要將小室提起，將氣泡除去，再將小室放進培養板。
Step4.培養時間：
培養時間由實驗目的決定，如細胞共培養、細胞趨化、細胞遷移以及細胞侵襲等多種方面的研究；細胞遷移與侵襲的能力，除了培養時間需要考慮外，也需考慮細胞的處理！
Step5.結果分析：
結束培養，取出小室，移除孔中培養液，用無鈣鎂的PBS洗2-3次，使用甲醇固定15-30分鐘后，將小室適當風干。用預備好的0.1%-0.5%結晶紫染色，再用棉簽輕輕擦掉內層未遷移細胞，用PBS洗3次。在200倍或400倍顯微鏡視野下，隨機選擇五個視野拍照觀察并計數穿過膜后的細胞。
▲統計穿膜后細胞數量圖示