細菌除能分解糖和蛋白質外，對一些有機物和無機物也可分解利用。各種細菌產生的酶不同，其代謝的基質不同，代謝的產物也不一樣。（1）對其他有機物的分解：如變形桿菌具有尿素酶，可以水解尿素，產生氨。乙型副傷寒沙門菌和變形桿菌都具有脫硫氫基作用，使含硫氨基酸（胱氨酸）分解成氨和H2S。（2）對其他無機物的分解：產氣腸桿菌分解檸檬酸鹽生成碳酸鹽，并分解培養基中的銨鹽生成氨。細菌還原硝酸鹽為亞硝酸鹽，氨和氮氣的作用，稱為硝酸鹽還原作用。
