1.使抗生素分解或失去活性：
細菌產生一種或多種水解酶或鈍化酶來水解或修飾進入細菌內的抗生素使之失去生物活性。
如：細菌產生的β-內酰胺酶能使含β-內酰胺環的抗生素分解；細菌產生的鈍化酶（磷酸轉移酶、核酸轉移酶、乙酰轉移酶）使氨基糖苷類抗生素失去抗菌活性。
2.使抗菌藥物作用的靶點發生改變：
由于細菌自身發生突變或細菌產生某種酶的修飾使抗生素的作用靶點（如核酸或核蛋白）的結構發生變化，使抗菌藥物無法發揮作用。
如：耐甲氧西林的金黃色葡萄球菌是通過對青霉素的蛋白結合部位進行修飾，使細菌對藥物不敏感所致。
3.細胞特性的改變：
細菌細胞膜滲透性的改變或其它特性的改變使抗菌藥物無法進入細胞內。
4.細菌產生藥泵將進入細胞的抗生素泵出細胞：
細菌產生的一種主動運輸方式，將進入細胞內的藥物泵出至胞外。
5.改變代謝途徑：
如磺胺藥與對氨基苯甲苯酸（PABA），競爭二氫喋酸合成酶而產生抑菌作用。再如，金黃色葡萄球菌多次接觸磺胺藥后，其自身的PABA產量增加，
可達原敏感菌產量的20-100倍，后者與磺胺藥競爭二氫喋酸合成酶，使磺胺藥的作用下降甚至消失。