A群鏈球菌性咽炎：檢測咽炎病人A群鏈球菌（GAS）的金標準是采用咽拭子標本進行培養，但培養需要24—48小時。目前所開發的快速抗原檢測試劑（RADT）雖然可以進行快速檢測，而且使用也較方便，但其靈敏度一般比培養低。許多專家建議當病人為兒童或青少年、或醫生在他的實際工作中不能確定所使用的RADT的靈敏度是否和培養相同時，則應當采用咽拭子培養對所有RADT檢測陰性的標本進行確定。
Gen-Probe公司生產的GASDirect試劑（表2）是目前唯一通過FDA認可的用于檢測GAS的直接NAT試劑。它采用HPA方法測定GAS的rRNA序列。GASDirect的靈敏度約為90%、特異性≥98%，優于RADT試劑，與培養的靈敏度相似。GASDirect的檢測時間為60分鐘，每份標本的檢測成本低于咽拭子培養，與RADT相同。因此，在GAS的檢測方法中，GASDirect不失為一個有用的選擇。
肺結核（TB）：目前美國胸科學會和CDC對TB的實驗室檢測要求是熒光抗酸染色（AFB涂片）和液體及固體培養基培養。涂片比較快捷但靈敏度較低；培養的靈敏度較高但需2到8周。Gen-Probe公司生產的AMPLIFIED結核分枝桿菌檢測試劑（MTD、第一個由FDA批準的結核NAAT檢測試劑）和Roche公司的AMPLICOR MTB試劑（表2）已被用于TB的診斷。不過這兩種試劑被限定只能用于呼吸道標本的檢測。它們可以用做TB的初期診斷，但不能用于監控治療。
與培養或最終確診結果相比，上述方法的靈敏度和特異性與培養相似，但這些商品化的NAAT試劑的檢測時間只需一天，因此可以為醫生提供快速診斷結果。FDA早期批準的NAAT試劑僅用于AFB涂片陽性的病人，而后來批準的MTD試劑可以用來對涂片陰性的可疑TB患者進行檢測。MTD這一用途使其能夠對標本中結核桿菌數量很少而難以采用涂片檢查的病人進行快速檢測。圖1概述了CDC推薦的采用MTD檢測結核分枝桿菌的使用原則。
圖1. 用于可疑TB患者的MTD檢測使用原則
第一份痰標本 → 培養 → 確定或否定TB診斷
↓ ↓
涂片 NAAT
↓ ↓
陽性 陽性 → MTB陽性
陽性 陰性 → 檢查有無抑制作用 → 無 → 檢測其它標本 → 涂片（+）MTD（–）→NTM
→ 有 → 采用MTD或其它NAAT檢測其它標本
陰性 陽性 → 檢測其它標本 → MTD（+）→ MTB陽性
陰性 陰性 → 檢測其它標本 → 涂片（–）MTD（–）→ MTB陰性
注：NTM：非結核分枝桿菌。
陰道炎：與陰道炎有關的微生物包括陰道加特納菌、陰道毛滴蟲和念珠菌屬。傳統診斷陰道炎的方法為陰道標本培養和玻片鏡檢。培養雖然靈敏，但耗時、耗力，且成本較高；玻片鏡檢比較快捷，但對某些病原體的靈敏度較低（如檢測念珠菌和滴蟲的靈敏度≤55%），且檢測結果的準確性常常依靠操作人員的經驗。BD公司的Affirm VPIII檢測試劑（表2）是一種NAT試劑，采用兩個探針：一個是捕獲探針，一個為檢測探針。靶序列首先與固定在一個珠子上的捕獲探針進行雜交，然后再與檢測探針雜交。隨后經洗滌去除未結合的標本和探針，將檢測探針與檢測酶結合。通過幾次洗滌將多余的酶去除后再加入酶底物，結果呈藍色，可通過肉眼觀察。Affirm VPIII能檢測上述三種病原體，與培養相比，其靈敏度分別為：念珠菌81%、加特納菌89%、毛滴蟲92%。
衣原體（CT）和淋球菌（GC）感染：檢測CT和GC的實驗室方法目前主要包括革蘭染色、培養、非擴增NATs、NAATs、EIA和DFA。
1．非擴增NATs：Gen-Probe公司生產的檢測CT、GC或聯檢DNA探針試劑（PACE 2 CT、PACE 2 GC或PACE 2C）已獲得FDA的批準，可用來檢測來自宮頸內、男性尿道和眼結膜（僅供CT）的標本。使用一份拭子標本，PACE2就可以對CT和GC進行聯檢（PACE 2C）或檢測其中的一種。目前在美國PACE2系列已成為臨床實驗室最為常用的檢測CT和GC的方法。PACE 2采用HPA方法測定rRNA，靈敏度和特異性與培養相似；PACE 2 GC的靈敏度與NAATs相似，但PACE 2 CT的靈敏度低于NAATs（表３）。