細菌的特殊結構：
莢膜（Capsule）許多細菌胞壁外圍繞一層較厚的粘性、膠凍樣物質。大多數細菌（如肺炎球菌、腦膜炎球菌等）的莢膜由多糖組成。莢膜除對鑒別細菌有幫助外，還能保護細菌免遭吞噬細胞的吞噬和消化作用，因而與細菌的毒力有關。莢膜抗吞噬的機理還不十分清楚，可能由于莢膜粘液層比較光滑，不易被吞噬細胞捕捉之故。莢膜能貯留水分使細菌能抗干燥，并對其他因子（如溶菌酶、補體、抗體、抗菌藥物等）的侵害有一定抵抗力。
鞭毛（Flagllum）在某些細菌菌體上具有細長而彎曲的絲狀物，稱為鞭毛。鞭毛是細菌的運動器官，往往有化學趨向性，常朝向有高濃度營養物質的方向移動，而避開對其在害的環境。
菌毛（Pilus）菌毛是許多革蘭氏陰性菌菌體表面遍布的比鞭毛更為細、短、直、硬、多的絲狀蛋白附屬器，也叫做纖毛（Fimbriae）。醫學|教育|網搜集整理菌毛與運動無關。菌毛可分為普通菌毛（Commonpilus）和性菌毛（Sexpilus）兩種。
芽胞（Spore）在一定條件下，芽胞桿菌屬（如炭疽桿菌）及梭狀芽胞桿菌屬（如破傷風桿菌、氣性壞疽病原菌）能在菌體內形成一個折光性很強的不易著色小體，稱為內芽胞（Endospore），簡稱芽胞。