一、鈍化酶的產生 耐藥菌株通過合成某種鈍化酶作用于抗菌藥物，使其失去抗菌活性。
1、β-內酰胺酶 對青霉素類和頭孢霉素類耐藥的菌株產生此酶，可特異的打開藥物β-內酰胺環，使其完全失去抗菌活性。
2、氨基糖苷類鈍化酶 通過磷酸轉移酶，乙酰轉移酶，腺苷轉移酶的作用，使抗菌藥物分子結構發生改變，失去抗菌活性。由于氨基糖苷類抗生素結構相似，故有明顯的交叉耐藥現象。
3、氯霉素乙酰轉移酶 該酶由質粒編碼，使氯霉素乙酰化而失去活性。
4、甲基化酶 金黃色葡萄球菌攜帶的耐藥質粒產生，使50S亞基中的23SrRNA上的嘌呤甲基化，產生對紅霉素的耐藥性。
二、藥物作用的靶位發生改變
1、鏈霉素 結合部位是30S亞基上的S12蛋白，若S12蛋白的構型改變，使鏈霉素不能與其結合而產生耐藥性。
2、紅霉素 靶部位是50S亞基的L4或L12蛋白，當染色體上的ery基因突變，使L4或L12蛋白構型改變，便會出現對紅霉素的耐藥性。
3、利福平 作用點是RNA聚合酶的β基因，當其突變時，就產生了耐藥性。
4、青霉素 靶部位是細胞膜上的青霉素結合蛋白（PBPs），PBPs具有酶活性，參與細胞壁的合成，是β-內酰胺類抗生素的作用靶位，細菌改變了PBPs的結構，可導致耐藥性。
5、喹諾酮類藥物 靶部位是DNA旋轉酶，當基因突變引起酶結構的改變，阻止喹諾酮類藥物進入靶位，可造成喹諾酮類所有藥物的交叉耐藥。
6、磺胺藥 細菌可使藥物靶位酶發生改變，使其不易被抗菌藥物所殺滅。
三、細胞壁通透性的改變和主動外排機制
1、改變細胞壁通透性 由于革蘭陰性菌細胞壁外膜的屏障作用，使其對一些結構互不相同的藥物，產生非特異性低水平的耐藥性，是通過改變細胞壁通透性來實現的。
2、主動外排機制 可因基因突變而提高耐藥水平。
例如：銅綠假單胞菌對抗菌藥物耐藥性強的原因
（1）對抗生素的通透性比其他革蘭陰性菌差；
（2）菌體內存在能將四環素，β-內酰胺抗生素和喹諾酮類藥物從胞內排出胞外的主動外排機制；
（3）該菌存在三種不同的外排系統，naIB型，nfxB型和nfxC型，各型的耐藥譜存在差異。
四、抗菌藥物的使用與細菌耐藥性的關系
耐藥菌株的出現與抗菌藥物的使用無直接關系。抗菌藥物的作用只是選擇耐藥菌株，淘汰敏感菌株。