許多因素可以影響轉化效率。受體細菌和供體細菌的親緣關系愈遠則轉化效率愈低，這主要是受吸附位點專一性和染色體的同源程度的影響。DNA分子的聯會是供體DNA整合到受體DNA上的先決條件，聯會一般只發生在同源染色體之間，而親緣關系愈遠則同源性愈低，所以轉化效率也愈低。但細菌間染色體的某些部位如核糖體基因部位在進化過程中很少發生變化，而有些性狀如紅霉素抗性和鏈霉素抗性等都是由于與核糖體有關的基因發生突變而使核糖體蛋白結構改變的結果，所以如果所轉化的是紅霉素或鏈霉素抗性基因或者和它們緊密連鎖的其他基因，則轉化效率便較少受細菌的親緣關系的影響。