終止密碼子實驗方法不是對各種突變型的產物測序，而是先將野生型的頭部蛋白用胰蛋白酶和糜蛋白酶來處理，消化后所產生的極復雜的混合物中，通過電泳能分離、鑒定出8個各有特征的頭部蛋白蛋白片段，分別是Cys, T7C(His), C12b(Tyr), T6(Trp), T2a(Pro), T2(Trp), C2(Tyr)和C5(His)片段。然后再測出各T4頭部蛋白突變型產物含有幾個以上的肽段來排序。表示排序的結果和精細作圖的序列相一致，不僅表明了基因和蛋白質的共線性關系，同時證明突變型頭部蛋白基因內有無義突變的存在，其位置應在各種突變產物的末端。