結腸易激綜合征的病因復雜，主要表現在以下五點：
精神因素
研究認為，本病癥狀發作或加重均與情緒緊張有關，焦慮、抑郁、激動、恐懼等情緒不安因素刺激機體，影響了植物神經功能，從而引起結腸和小腸的運動功能改變及分泌功能的失調。IBS患者癥狀的發作與加劇與情緒緊張密切相關。如嚴重的焦慮、抑郁、緊張、激動和恐懼等因素影響植物神經功能調節，引起結腸運動與分泌功能障礙。國內等報告IBS因情緒緊張等因素誘發的占45%，國外有人報告高達80%。
1.兒童時期有胃腸失調常延續到成年發生IBS。Apley和Hale追蹤兒童反復腹痛者6～8年后1/3發生IBS，1/3仍具多種功能性胃腸癥狀，1/3無癥狀。腹瀉型IBS患者80%仍具有兒童期的胃一結腸反射過敏。
2.IBS患者中，具急性菌痢史者較多，通過糞便反復病原檢查，不能證實為慢性菌痢，而被認為系痢疾后結腸功能失調，此常以“痕跡反應”解釋。
3.所謂“旅行性腹瀉”患者中，雖部分由于感染因素所致，但多次因旅行而致瀉者，多屬IBS，系由于旅行中情緒因素、生活及飲食改變所致的腸道功能失調。
遺傳因素
結腸易激綜合征有明顯的家族集聚傾向。國外33%的患者有家族史，國內與此接近，而且同一家族中腸易激綜合癥患者的臨床表現雷同。
感染因素
本征者不屬于感染性疾病，但在腸道感染之后，易誘發結腸功能紊亂。如微生物或寄生蟲所致感染性腸道炎癥，也能改變結腸的反應性，誘發或加重IBS，尤其是在患痢疾之后，本征的發病率可增高。
約1/4腸易激綜合癥患者的癥狀起自胃腸炎、痢疾或其它直接影響胃腸功能的疾病。研究認為各種細菌、病毒感染因素可引起腸粘膜下巨細胞或者其它炎性細胞所釋放的細胞因子，可能引起腸道功能紊亂而發生腸易激綜合癥。
飲食因素
食物本身并不引起腸易激綜合癥。腸易激綜合癥患者可因乳糖酶缺乏發生乳糖類消化不良，很多病人可因進食或激性食物發作，可能對某種或多種食物不耐受，致使腸腔擴張和腸蠕動正常功能發生紊亂而發病。
飲食不當或飲食習慣的改變可誘發本征，如過食生冷、嗜食辛辣、香燥之品等；脂類食物對結腸運動功能影響較大；高蛋白飲食常可導致腹瀉；進食纖維過多的食物可引起功能紊亂，并與IBS有關。國內等報告因飲食不當誘發IBS的占11.3%。關于食物不耐受和IBS，Nanda研究200例IBS患者，在食物激發試驗中，大部分有效者（81.3%）能被確認為一種或多種食物不耐受。Thomson等發現低乳糖酶患者在攝入過多乳糖后可出現IBS的某些癥狀。
神經和內分泌因素
研究表明，便秘型腸易激綜合癥與膽堿能神經異常有關，而腹瀉型則與腎上腺能神經異常有關。更主要的是本病與內分泌激素如血管活性腸肽（VIP）、膽囊收縮素（CCK）、P物質（SP）、生長抑素（SS）、胃動素（MOT）及5-羥色胺（5-HT）等含量異常有密切聯系。
除上述因素之外，人體內微量元素的改變，氣候變化均可誘發和加重病情。總之，各種因素最終導致結腸分泌和吸收功能紊亂，以及腸道動力學改變而發生本病。