設置關鍵殘基對象：關鍵殘基包括：A鏈的K339、H357、E361、K376和F404。由于該蛋白只有一條鏈，在使用命令選擇殘基時，可以不用指定鏈名。按照下圖順序，將關鍵殘基設置為res對象。
2.3. 顯示所需，隱藏多余
在PyMOL中輸入以下命令：
然后，進行鼠標操作：
2.4. 繪制相互作用力
前面說過，命令行和鼠標的配合是很重要的。這里再簡單講講鼠標的幾個操作用法：
A） 拖動鼠標左鍵：按住右鍵，任意方向拖動鼠標，使視圖轉動；
B） 上下拖動鼠標右鍵：按住右鍵，上下拖動鼠標，使視圖縮放；
C） 拖動鼠標中間滾輪：按住滾輪，任意方向拖動鼠標，使視圖移動；
D）滾動鼠標中間滾輪：拉進或拉遠鏡頭，使近處原子逐漸顯示或隱藏。
我們參照平臺給出的結合模式圖（本文第二張圖），通過下面的鍵鼠操作來繪制相互作用力。
繪制π-π堆積與鹽橋作用
首先，確保鼠標模式（Mouse Mode）為Viewing狀態，選擇（Selecting）模式為Atoms狀態（位置在PyMOL右下方）。然后，按照下面步驟操作：
然后，點擊PyMOL菜單欄的Wizard -> Measurement，然后根據示意圖點擊剛才創建的小球，兩兩一組，便畫出虛線（相應地，生成對象measure01~05）。
繪制其他作用力
采用相同的辦法，把氫鍵和疏水作用也畫出來。由于這些作用力的兩端剛好落在原子上，因此，不用繪制小球。
2.5. 最后加工
為方便調整，也為圖片規格符合要求（通常，出版社要求全版圖片寬度≤2000像素，半版圖片寬度≤1000像素，分辨率≥300 dpi），我們將PyMOL界面放大或靠邊最大化，并將上半部分的對話框往上拉到最小，讓視圖最大。然后放大、擺動視圖至合適的角度，使盡可能清晰地看到各關鍵細節。
基本的創建工作已經完成，接下來進行細致的修飾。
我們還可按下圖步驟微調cartoon樣式：
還可移動label的位置（設置Mouse Mode為Editing模式后，按住Ctrl鍵，用鼠標左鍵或右鍵拖動label；