本病主要是原發性甲狀旁腺功能亢進相鑒別。原發性和繼發性甲狀旁腺功能亢進均能致腎小管性酸中毒，其發生可能是PTH直接作用于腎小管，使碳酸氫鹽重吸收減少。磷酸鹽缺乏也抑制了碳酸氫鹽的重吸收。甲狀旁腺功能亢進的高鈣尿癥損傷腎小管，可發生遠端和近端腎小管性酸中毒。而未經治療的腎小管性酸中毒由于尿鈣排出過多，低鈣常使PTH增高。此時二者雖都有腎小管性酸中毒和PTH升高，但原發性甲旁亢常常沒有繼發的病因，血鈣總是升高的，而繼發性甲旁亢常常有繼發的病因，血鈣可能正常。近端腎小管重吸收氨基酸的功能受PTH調節，當PTH增多時氨基酸的重吸收減少，因此甲狀旁腺功能亢進常有氨基酸尿。