一 病原學檢查：細菌學檢查陽性是確診的依據。為提高痰菌檢出率，應查痰3次以上。若痰菌陰性可行纖維支氣管鏡下刷檢及支氣管肺泡灌洗液（BALF）查抗酸桿菌及結核分枝桿菌培養，可提高陽性率。標本來源有痰液、高滲鹽水超聲霧化導痰、下呼吸道采樣、支氣管沖洗液、支氣管肺泡灌洗液 (BALF) 、肺及支氣管活檢標本。由于痰標本采取方便、簡單 , 常作為臨床首選的檢查。
直接涂片方法簡單、快速 , 但敏感性不高 , 應作為常規檢查方法；涂片染色陽性只能說明抗酸桿菌存在 , 不能區分是結核菌還是非結核分枝桿菌。鑒于我國非結核分枝桿菌發病較少, 故檢出抗酸桿菌對診斷有重要意義
分離培養法靈敏度高于涂片鏡檢法 , 可直接獲得菌落 , 便于與非結核分枝桿菌鑒別 , 是結核病診斷金標準。
二．結核菌素（PPD-G 5U）皮膚試驗是判斷機體是否受到結核分枝桿菌感染的重要手段。當強陽性表示機體處于超過敏狀態，發病率高，可作為臨床診斷結核病的一項參考指標。
三．分子生物學診斷方法如聚合酶鏈反應（PCR）：研究結果顯示 : 痰液 PCR +探針檢測可獲得比涂片鏡檢明顯高的陽性率和略高于培養的陽性率 , 且省時快速 , 成為結核病病原學診斷重要參考 , 但臨床應用中也存在少數假陽性和假陰性一些技術問題。
四．血清抗結核抗體檢查：已成為結核病快速輔助診斷手段 , 但臨床應用中仍存在特異性欠強 , 菌陰肺結核敏感性低的問題 , 尚需進一步研究。