化學治療是肺結核病的基本療法。正確選擇用藥，制定合理的化療方案，遵循化療原則以及科學的管理是治愈病人，消除傳染和控制結核病流行的最有效措施。
（一）抗結核藥物
2002年國家基本藥物目錄規定抗結核藥物共11種。包括異煙肼、鏈霉素、利福平、利福噴汀、乙胺丁醇、對氨基水楊酸鈉、吡嗪酰胺、丙硫異煙胺以及異煙肼利福平吡嗪酰胺，異煙肼利福平和異煙肼對氨基水楊酸鈉復合制劑。
( 二) 結核病治療的對象
1、初治肺結核：包括⑴未曾用過抗結核化學治療，痰菌陽性的肺結核患者。⑵未接受過抗結核藥物治療或首次接受抗結核藥物治療未能完成療程者。⑶痰涂片陰性而培養陽性的肺結核患者。⑷不規則化療未滿1個月的患者。
2、復治肺結核：包括 ⑴初治失敗，痰菌陽性或涂片陰性而培養陽性患者。⑵完成規則的標準化療或短程化療后又復發者。⑶肺切除手術后，而出現新病灶或遺留病灶惡化、復發者。
3、耐藥、耐多藥肺結核：對2種以上至少包括異煙肼，利福平等抗結核藥物耐藥者。
（三）繼發性肺結核化療方案的制定：
任何方案的制訂需依據患者的既往治療情況（包括初治或復治、抗結核藥配伍和應用情況）、排菌情況、耐藥情況、病變范圍和有否伴發病、并發癥等制定或選擇化療方案。
任何方案均包括二個不同的治療階段：⑴強化治療階段：以3～4種藥物聯用8～12周，以期達到盡快殺滅各種菌群保證治療成功的目的。⑵鞏固治療階段：以2～3種或4種藥物聯用，其目的鞏固強化階段取得的療效，繼續殺滅殘余菌群。
用藥方式有三種類型：⑴全程每日用藥；⑵強化期每日用藥，鞏固期間歇用藥；⑶全程間歇用藥。