維生素B6群很快地會被轉化成輔脢pyridoxal phosphate 與pyridoxamine phosphate，此兩種脢與蛋白質的代謝關系很密切，pyridoxal phosphate是下列脢的置換物質：
氨基酸代謝時胺基轉移所需，尤其對甲硫氨基、胱氨酸、半胱氨酸等。
氨基酸代謝時的脫羧基（=COOH）作用所需。
轉化含硫氨基酸所需（甲硫氨基、胱氨酸、半胱氨酸等），高胱氨酸是否缺乏維生素B6，要注意。
Methionine→homocyteine + serine（絲氨酸）→pyruvate（焦葡萄糖） + H2S + NH3→TCA cycle（產生能量 + CO2 + H2O）。
甲硫氨酸是提供甲基（methyl group）的重要氨基酸，若無維生素B6存在，此作用不能進行。很多的碳化作用不得進行，如要合成脂肪、胺基酸碳架等。
與色氨酸轉化成煙堿酸有關，tryptophan→nicotinic acid，若缺乏維生素B6時，即產生中間代謝物---黃尿酸（xanthurenic acid），此物質會在體內破壞胰臟β細胞，最后導致糖尿病的發生。在臨床上，以驗尿液中黃尿酸多寡來判斷有無維生素B6缺乏癥，若黃尿酸含量太多，即表示罹患維生素B6缺乏癥。
肝糖轉變為葡萄糖所需，有維生素B6的存在，glycogen phosphorylase 可加速肝糖的分解成葡萄糖。
將脂肪酸亞麻油酸（linoleic acid--18C）轉化成花生油酸（arachidonic acid--22C）所需，若缺乏此酸，則會造成皮膚龜裂，嚴重者甚至會因細胞膜變性而引起身體不適。