維生素B6攝入不足或吸收不良盡管食物維生素B6的來源廣泛，偶爾仍可發生因食物攝入不足引起的缺乏，或患有Crohn病或腹腔疾病引起吸收不良。
長期應用某些藥物最重要的是異煙肼，它與磷酸吡哆醛形成的復合物使其失去作用。其他有環絲氨酸、青霉胺、口服避孕藥、左旋多巴等均能使維生素B6失去活性或排泄增多而引起維生素B6缺乏。
酗酒由于乙醇可加速磷酸吡哆醛的分解代謝，可引起維生素B6缺乏。
維生素B6依賴綜合征屬于少見的代謝異常，為遺傳性疾病。
引起缺乏的原因有需要量增加、生物利用或代謝受干擾，如甲狀腺機能亢進、懷孕、受電離輻射、高溫環境下生活工作、尿毒癥、肝病、慢性酒精中毒，使用干擾維生素B6代謝藥物(如異菸肼、環絲氨酸、肼苯噠嗪、左旋多巴、青霉胺、口服避孕藥、4-脫氧吡哆醇等)，先天遺傳缺陷的“維生素B6依存癥”。嬰兒患者膳食中維生素B6攝入量雖正常，因需要量太大，仍可發生缺乏。