由于熒光蛋白能穩定在后代遺傳,并且能根據啟動子特異性地表達,在需要定量或其他實驗中慢慢取代了傳統的化學染料。更多地,熒光蛋白被改造成了不同的新工具,既提供了解決問題的新思路,也可能帶來更多有價值的新問題。
GFP和它的衍生物的可用性已經徹底重新定義熒光顯微鏡,以及它被用來在細胞生物學和其他生物學科的方式。其中,最令人興奮的就是用于超分辨顯微鏡成像。