原理和基因的缺失定位相同，不過需要具備種類更多而差別更為細微的缺失菌株。在大腸桿菌的 T4噬菌體中曾經獲得一系列快速溶菌突變型rⅡ基因部分缺失突變型，利用這些突變型可以迅速測定任何一個 rⅡ點突變在rⅡ基因中的位置。圖5中的每一編號標明的橫線表示一個缺失突變型的缺失范圍。定位分兩步進行，首先測定大的范圍，然后測定精確的位置。
例如有一個點突變型和缺失突變型 A105和638能發生重組而和其余五個不發生重組，就可知它的位置在區域A5中，然后進一步利用A5中三個缺失突變型1605、1589、PB230進行更精確的定位（圖5），可見只要有足夠多的缺失突變型，就可使位置測定得十分精確。
這一方法在實際操作上很簡單，因為只要觀察有沒有噬菌斑出現，而無須計算噬菌斑的數目。