一般生物脫氮是指 硝化和反硝化 .硝化是指把銨鹽等轉化為亞硝酸鹽在轉化為硝酸鹽.反硝化是把硝酸鹽轉化為氮氣即實現脫氮.其中硝化是自養菌利用CO2作為碳源,反硝化是異養菌需要消耗水體中有機物且在缺氧（有較多硝酸鹽）的環境中才能進行（有硝酸鹽所以呈現缺氧）,
所以把缺氧池放在好氧池前面是為了反硝化菌有足夠的有機物作為碳源進行反硝化實現脫氮,好氧池再回流一部分至缺氧池,進行反硝化.
如果放置好氧池后面,好氧環境中其他微生物會消耗水體有機物,進入缺氧池后水體的有機物不足,難以實現充分脫氮.
另外保持厭氧環境是為了除磷,除磷是“厭氧釋磷,好氧吸磷".厭氧必須是嚴格厭氧