引起結腸缺血有很多原因，大體可分為兩大類，一類為血管阻塞型，另一類為非血管阻塞型。
1.血管阻塞型結腸缺血
在血管阻塞型結腸缺血中，比較常見的原因有腸系膜動脈的創傷、腸系膜血管血栓形成或栓塞，以及腹主動脈重建手術或結腸手術時結扎腸系膜下動脈。
2.非血管阻塞型結腸缺血
大多為自發性，通常不伴有明顯的血管阻塞，臨床上難以找到明確的引發結腸缺血的原因。其中大部分患者為老年人，在發生結腸缺血性改變后，腸系膜血管造影顯示的血管異常可與臨床癥狀不相符。有多種原因可以誘發自發性結腸缺血，其中各種原因引起的低血壓最為常見，如感染性休克、心源性休克、過敏性休克、神經性休克等，同時伴有心臟病、高血壓、糖尿病以及同時服用可影響內臟血流的藥物（如升壓藥等），可以明顯增加結腸缺血的發生機會。腸系膜血供減少，引起結腸缺血；而大范圍急性腸系膜血供障礙又可引起明顯的不可逆性心輸出量減少，因而導致腸系膜缺血的惡性循環。