引起克羅恩病的原因目前仍然不是特別清楚，經初步研究發現可能與以下兩個因素有關。
1、遺傳因素：大量資料表明克羅恩病與遺傳因素有關。研究發現單卵發育的孿生子之間患克羅恩病的一致性比率明顯升高，同時發現克羅恩病患者與配偶之間表現為不一致性，且與普通人群無差別。有人認為克羅恩病遺傳基因決定機體的免疫反應，炎癥性腸病患者的遺傳因素決定其對一些腸腔內的抗原物質具有過強的免疫應答反應。
2、感染因素：早年因克羅恩病的病理表現與非鈣化的結核病變相似，曾懷疑本病由結核桿菌引起。但用各種方法均未能分離出此病菌。研究發現這些分枝桿菌接種于小鼠腹腔中可在其肝脾中發生肉芽腫并出現抗酸桿菌。