羅氏454測序分析軟件升級

　　羅氏公司近日宣布推出一款新的軟件包(v2.8)，能顯著改善其GS FLX+系統上長讀取鳥槍法測序的性能。這一測序平臺能帶來百萬個讀取，其讀長超過1000 bp。此次改進將讓研究人員發現更多復雜的遺傳變異，并揭開隱藏在基因組、轉錄組和宏基因組樣品中難以測序的區域下的生物學秘密。

　　羅氏測序解決方案的總裁Thomas Schinecker表示：“此次最新的軟件發布代表了GS FLX+ 系統的長讀取性能在滿足客戶的預期上又向前邁進了一大步。全世界30多個頂尖的測序實驗室正在使用我們的新軟件，他們的反饋非常好。”

　　自GS FLX+系統上市以來，研究人員已經證實了超長讀取的價值，能帶來更完整的全基因組de novo組裝，出色的全長轉錄組分析，以及更好的宏基因組樣品鑒定。新軟件將進一步改善這些應用的測序結果，并為454測序系統的生物信息學工具帶來新的功能改進。

　　RIKEN Omics科學中心和橫濱市立大學KIHARA生物研究所的Hiroshi Tarui談道：“我們實驗室利用最新的GS FLX+軟件體驗了很棒的結果。所有測序指標，包括讀長，都超出了我們的預期。我們正利用此平臺開展de novo轉錄組研究，而長讀取對cDNA轉錄本的全長組裝和剪接變體研究很關鍵。”

　　德國馬普研究所測序核心實驗室的主管Bernd Timmermann則表示：“我們的GS FLX+系統正廣泛用于不同煙草株的de novo測序項目，它實現了約820 bp的讀長，而一些運行的產量也超過1 Gb。隨著升級到v2.8軟件，我們看到所有情況下的平均讀長均有所改善。在未來的de novo測序和宏基因組項目中，我們將繼續使用GS FLX+系統。”

　　羅氏還計劃推出針對GS FLX+系統上長擴增子測序的長讀取改進。這將改善定向測序和16S/18S rRNA宏基因組應用的測序結果。

　　GS FLX+ system是羅氏旗下454生命科學推出的一款升級版測序儀，該儀器能夠產生高達1,000 bp的測序讀長，接近傳統的毛細管電泳測序法，使高通量測序技術達到了與Sanger測序相當的準確性和讀長。讀長的改善也使得測序通量提高到接近 1Gb，從而降低了大型測序項目的測序成本。

　　今年，454測序儀參與了多個物種的基因組圖譜繪制，包括香蕉、西紅柿、靈芝、甜瓜、蝴蝶、倭黑猩猩等，它也協助研究人員對超級細菌的傳播途徑及其耐藥性突變的進化進行了追蹤。