羊水穿刺染色體核型分析和羊水基因芯片檢查有以下區別：
1、兩種方法醫學目的不同
羊水穿刺染色體核型分析核型分析是了解有沒有染色體數目異常，了解有沒有唐氏兒之類的疾病，而基因片段羊水穿刺是用來檢查胎兒是否畸形。
基因芯片則是檢查胎兒的DNA，了解有沒有代謝性疾病。
2、兩種方法在醫學上意義不同
羊水穿刺后的取得的標本可以用于染色體核型分析，也可以用于基因芯片檢查。染色體核型分析針對染色體的數目和大片段缺失、重復和染色體易位，但是，對小片段的染色體片段缺失或重復不能檢出。
芯片能檢出微小的染色體片段重復或缺失，但是不能發現沒有片段增加或減少的染色體易位。因此，兩種方法可以互為補充。一般，基因芯片沒有異常發現，可以認為胎兒不會患有染色體病。但不能排除胎兒有染色體易位。