CT和MRI大大提高了癲癇病灶結構異常的診斷。目前已在臨床應用腦功能檢查包括陽離子衍射斷層攝影(PET)、單光子衍射斷層攝影(SPECT)和MRI光譜分析儀(MRS)。PET可以測量腦的糖和氧的代謝腦血流和神經遞質功能變化。SPECT亦可以測量腦血流、代謝和神經遞質功能變化，但是在定量方面沒有PET準確。MRS可以測量某些化學物質，如乙酰天冬氨酸含膽堿物質、肌酸和乳酸在癲癇區域的變化。
