美國政府停擺給中國生命科學界的警示

　　美國政府停擺給中國生命科學界的警示：中國需要自主的“國家生物信息學中心“

　　10月1日，由于美國民主、共和兩黨尚未解決新財年的政府預算分歧，聯邦政府的非核心部門被迫關門了兩個多星期。其中醫學、藥學及生命科學從業者及研究者依賴度甚高的NCBI(美國國立生物技術信息中心)網站在此期間處于基本維持狀態，數據暫停更新。

　　NCBI 是由美國參議員Claude Pepper于上世紀80年代后期發起成立。30多年來，NCBI負責收集、存儲、注釋關于分子生物學、生物化學、遺傳學等方面的數據信息，通過開發大量的軟件和數據庫為國際生命科學的研究提供數據的搜索、瀏覽、分析和下載服務。這些服務已成為國際生命科學研究重要的生物信息學基礎。

美國政府停擺

　　NCBI暫停更新對中國研究者的影響更甚，由于中國尚未有自主的國家級生物信息學中心(簡稱：國家中心)，中國生命科學研究人員高度依賴NCBI的服務。如果因為政治、經費或其他原因，這些生物信息資源對中國研究者真正關閉，必將會對中國生命科學的研究產生極大的影響。“雖然此次NCBI服務有限停擺對中國科學研究總體影響有限，但是確實已經減緩了有些重要項目的進度。”中國醫學科學院生物醫學大數據研究中心主任、太倉生命信息研究所常務副所長朱偉民教授告訴我們說。“更重要的是，這次停擺給我們敲了一個警鐘：我們所依賴的國外資源并不是沒有被中斷的可能”。中國在沒有自主的數據積累，與管理、服務經驗的情況下，“斷奶“的后果將是無法想象的”。

　　隨著高通量技術的發展，生命科學、生物醫藥的研究已經全面進入了大數據時代，生物信息學已成為破譯大數據必不可少的工具。現今，中國仍然沒有自己的生物信息中心，許多生物數據處于“出口轉內銷”的模式，科研數據不得不提交到國外數據庫，需要數據時又不得不從國外數據庫下載。然而，由于網絡的瓶頸，這些大數據的下載給科研人員帶來了諸多煩惱。作為一個數據產生大國，中國仍然被看作為是國際公共生物數據的免費用戶，她對國際生物信息資源的共享的貢獻沒有得到充分的肯定。這導致中國在國際生物信息資源上幾無話語權，并造成各種負面影響的情況。要改變這種狀況，國家中心的建立已迫在眉睫。

　　國內科研精英意識到國家中心的重要性與迫切性，為它的建設作出了近十年的努力。最近，強伯勤、趙國屏、陳潤生等9位院士向中國科學院院士局建議立項，對成立國家生物信息學中心做一個全面的調研。此調研項目有12個國內優勢單位參加，涵蓋生命科學、生物醫藥、計算科學、生物信息等領域。項目調研工作已經全面展開，預計在 2013年底或2014年初寫出國家生物信息學中心建設的建議書，遞交給國家作為決策的依據。

　　作為積極參與此調研項目的單位之一，太倉生命信息研究所(TILSI)在過去的兩年里，開展了國際重要數據資源的“本地化”工作，并建設大數據整合平臺，為中國科學家提供了“本地化”的生物醫學數據服務，為建設國家中心，積累了寶貴的經驗。目前它的大數據整合平臺已整合11個數據庫，涵蓋6種數據類型——基因組、核酸、蛋白質、結構、分子間相互作用以及疾病。由于平臺數據庫，除Refseq參考序列數據庫以外，主要來源于另外一個國際生物數據中心歐洲生物信息研究所(EBI)，因此NCBI暫停數據更新對TILSI的平臺服務影響較小。為了幫助用戶在海量的生物醫學大數據找到有用的數據，TILSI還自主開發了國內首個生命科學領域的跨數據級搜索引擎bioso! (www.bioso.org)。作為大數據整合平臺的入口，bioso!為用戶提供了友好的跨數據庫的“一站式”檢索與“百科全書”式的展示。百科全書分為五個章節，已對外開放三個章節-基因與基因組、基因型與表現型，相互作用與網絡;剩余兩個章節處于準備階段。

　　“我們的現有工作還仍然局限于對國外公共資源的搜集與整合，這僅僅是我們的前期工作“。朱偉民教授向我們介紹說：“我們下一步的工作重點是在繼續豐富公共數據積累，并建設中國特色數據庫的同時，推進加入國際重要數據庫聯盟進程，使得我們“本地”數據庫接受數據提交，成為具有真正涵義的中國“自主”數據庫。只有這樣，才會結束我們對國外數據資源嚴重依賴的中斷誠惶誠恐的狀況“。朱偉民教授接著解釋：”我這里所說的“我們”是廣義的，是指所有為中國生物信息學事業呼吁與奮斗了多年的前輩，各優勢單位與科學家“。他最后呼吁：”國家中心的成立是“我們“得以緊密合作、加速進程，完成使命的根更本保障”。