老年人的慢性腎盂腎炎臨床表現多不典型，常復雜多樣，重者急性發病時可表現為與急性腎盂腎炎相似的癥候群，可有明顯的全身感染癥狀，較常見的癥狀有全身不適，體重減輕，低熱，尿失禁，排尿困難，尿潴留，多尿，夜尿等，少數病人表現為腰痛，腹部隱痛或腎絞痛，輕者可無癥狀，僅有尿液改變，個別病人僅有高血壓，有尿流梗阻，留置導尿或神經源性膀胱病人出現慢性菌尿時應懷疑有慢性腎盂腎炎，常見的有下列5型：
1.復發型：常多以急性發作，發病時可有全身感染癥狀，尿路局部表現及尿液變化等均類似急性腎盂腎炎。
2.低熱型：以長期低熱為主要表現，可伴乏力，腰酸，食欲不振和體重減輕等。
3.血尿型：可以血尿為主要表現，呈鏡下或肉眼血尿，發病時伴腰痛，腰酸和尿路刺激癥狀。
4.隱匿型：無任何全身或局部癥狀，僅有尿液變化，尿菌培養可陽性，又稱無癥狀性菌尿。
5.高血壓型：在病程中出現高血壓，偶可發展為急進性高血壓，常伴貧血，但無明顯蛋白尿和水腫等。
除上述類型外，少數病例尚可表現為失鈉性腎病，失鉀性腎病，腎小管性酸中毒和慢性腎功能不全。
老年人腎盂腎炎常存在尿滯留的因素，易引起尿路敗血癥，應加警惕，Posito等報道100例老年敗血癥，34%由腎盂腎炎所致，其中僅7例有尿路刺激癥狀，8例有尿路插管史，Tunn等報道革蘭陰性桿菌敗血癥中，55%來源于尿路感染，尿路敗血癥易并發休克，病死率甚高。
慢性腎盂腎炎較早期腎濃縮功能障礙而GFR相對保存完好，由于一開始細菌在髓質繁殖，引起廣泛的炎癥反應，最終出現瘢痕，腎小管結構扭曲，從而干擾髓質轉運機制，這些變化可引起多尿，夜尿，腎性尿崩癥和電解質穿孔，病變累及皮質，有廣泛的瘢痕形成時導致腎衰。
易復發是腎盂腎炎的臨床特點，再次發作可以是原病復發或是重新感染，兩者性質不同，且處理與預后各異，必須區分，復發是指腎盂腎炎未治愈，只是病情暫時緩解，在某些因素促發下，潛伏的細菌又引起炎癥而發病；重新感染則是原病已愈，細菌已滅，由新的致病菌入侵所致。
尿細菌培養結果符合真性細菌尿或腎盂腎炎病程超過半年，伴有下列情況之一者可診斷為慢性腎盂腎炎：影像學檢查發現腎盂腎盞變形，縮窄；兩腎大小不等，腎表面凹凸不平；腎小管功能有持續性損害。