生物轉化使用的原料大多為糧食作物，大量使用會影響到糧食安全，而利用生物能源轉化技術生產乙醇，可緩解非再生化石能源日漸枯竭帶來的能源壓力。因秸稈、麩皮、鋸木粉等農業、工業廢棄物含有大量的木質纖維素，所以來源廣泛的纖維素是很有潛力的生產乙醇的原料。另外，在生物燃料的生產過程中，纖維素的預處理和纖維素酶的生產成本較高，故減少預處理，增強纖維素酶活性，提高發酵產物的產量和純度，減少中間環節也是降低生產成本的途徑。聯合生物加工不包括纖維素酶的生產和分離過程，而是把糖化和發酵結合到由微生物介導的一個反應體系中，因此與其他工藝過程相比較，底物和原料的消耗相對較低，一體化程度較高。這種綜合方法的未來發展前景廣闊。 [2] [10]
此外，近年來有文獻報道了煤制乙醇的方法。煤制乙醇是以煤為原料經氣化為合成氣或者以工廠廢氣（主要成分均為一氧化碳和氫氣）為原料，生產乙醇。目前，以煤為源頭生產燃料乙醇的工藝路線主要包括四條，都需要首先將煤氣化為合成氣。從合成氣生產燃料乙醇主要有兩種方法，即直接法和間接法。直接法可由兩條工藝路線實現：合成氣化學催化路線和合成氣厭氧發酵路線。間接法制乙醇是先采用成熟的甲醇合成技術，將合成氣轉化為甲醇，然后再將甲醇羰基化為醋酸，最后再進行醋酸直接加氫或者將醋酸酯化后加氫生產乙醇。