1、凝膠管的制備將電泳玻管用小橡皮塞塞住底部，然后灌入新配的凝膠溶液。每管加至液體高度為7.5cm。為了保證凝膠表面平整可用注射器通過細針頭小心地加一層（高約1厘米）蒸餾水于表面上，勿使與凝膠液混合，室溫放置。如果條件合適溶液于30-60分鐘內聚合而成凝膠。凝膠溶液的配制方法：溶液甲：丙烯酰胺（氯仿重結晶）25g，雙體（甲醇重結晶）1g，加水配成100mL溶液。必要時用三羥甲基氨基甲烷調pH至7.0。溶液乙：二甲氨基丙腈1mL，三羥甲基氨基甲烷0.85g（也可用0.625g氨三乙醇或氨乙醇）加水至100mL。溶液丙：K3Fe(CN)6分析純0.075g，加水至100mL新配。用作阻聚劑以延緩凝聚時間。使操作方便，如凝聚時間已足夠長可以用蒸餾水代替。溶液丁：過硫酸銨（二級）2.8g加水至100mL新配。必要時用氨水調pH至7.0，溶液甲及乙配后可在冰箱中保存數月。溶液丙及丁用時新配。臨用前將溶液甲、乙、丙、丁等量混合。
2、準備把已灌裝凝膠的玻管通過有孔椽皮塞安裝在上面液槽的底孔中，在上下兩槽內分別注入緩沖液。裝上后電泳管下端應浸沒在下槽的緩沖液中，管下端勿留氣泡。血清電泳可以用巴比妥緩沖液pH-8.6，離子強度0.05（配法：巴比妥鈉10.3g，二乙基巴比土酸1.84g，加水至1L，溫熱使溶解加硫柳汞0.1g防霉）。
3、在血清樣品中加入少量蔗糖以增加密度，用血紅蛋白吸管直接小心地加在凝膠表面上，加樣量一般為7μL血清。如果在樣品中混入少量溴酚蘭指示劑就可以在電泳過程中觀察前沿移動的情況。
4、電泳在二液槽中安放鉑金絲電極；正極在下，負極在上。接通電源進行電泳，電場強度10V/cm左右，視室溫高低而定。室溫較高時宜用較低的電壓以免發熱過度影響分離。蛋白質向正極移動。侍染料前沿移動至管底近處，停止電流。電泳時間為1-2小時。電泳完畢取下凝膠管，用細長針頭沿管壁注蒸餾水，使凝膠與管壁剝開。然后用橡皮球壓出凝膠條。
5、染色及脫色電泳后的凝膠條在1%氨基黑10B在7%醋酸溶液中固定并染色1小時以上。染色后的凝膠條用7%醋酸洗滌數次。置于脫色玻管中，在同一電泳裝置中電解脫色。此時改用7%醋酸充裝在液槽中。通電后過剩凝膠之上再加一層大孔凝膠，樣品聚合在最后的另一層凝膠中。在我們的試驗中省略的染料泳向正極。脫色時電場強度25V/cm，電流10-15mA/管。3-4小時脫色完畢。增高電壓可以加速脫色。有色的醋酸溶液通過盛有活性炭的漏斗過濾，即可除去染料，重新使用。
6、保存與記錄脫色后的凝膠可以裝在盛有7%醋酸的有塞試管中保存數年。也可以自然干燥后保存，在需要觀察時再浸在7%醋酸中溶脹成原來形狀。記錄可以用照相攝影。也可以用光密度計進行捕記。光密度計的分辨力決定于其狹縫寬窄及光電管放大倍數。