在實際工作中常采用瓊脂糖凝膠電泳。一般情況下先在電泳緩沖液或凝膠中加1%溴化乙錠（EB）（每100ml加100μl），然后將已經制備好的1%～2%瓊脂糖凝膠（用電泳緩沖液配制）放入電泳槽內，加入待測樣品10μl，同時用分子量標準品作標記。瓊脂糖濃度應按分離DNA片段的大小進行選擇，一般用1.5%～2%，電泳電壓75V，待樣品進行凝膠內距膠末端1cm時，切斷電源，取出凝膠在紫外燈下直接觀察結果。
由于溴化乙錠可與雙鏈DNA形成結合物，在紫外燈下能發射熒光，使EB的熒光強度增強80～100倍，所以，電泳后凝膠在紫外燈下可直接觀察。一般肉眼觀察DNA量可達10ng，其熒光強度與DNA含量成正比。
DNA分子在凝膠中泳動速度決定于電荷效應及分子效應。前者由所帶凈電荷量決定，而后者與分子大小及構型有關。按照DNA分子大小，其凝膠濃度可做不同的調整。有條件的實驗室也可用聚丙烯酰胺凝膠電泳（PAGE）分析擴增的DNA片段。