由于肘關節結核常表現為疼痛、局部腫脹、壓痛、活動功能受限等，這些癥狀并非其特有表現，臨床上還有許多疾病的臨床表現與之相似，故需對這些疾病進行鑒別診斷，其中包括有以下幾種疾病：
1、化膿性骨髓炎 病人有全身感染中毒反應病史，病變局部有化膿性炎癥反應例如紅、腫、熱、痛，起病急驟，局部穿刺液細菌培養常為化膿性細菌。
2、類風濕性關節炎 該病為多發性、對稱性關節發病，類風濕因子常為陽性。當鑒別有困難時，可行滑膜活檢。
3、化膿性脊椎炎；
4、腫瘤；
5、其它還包括骨質疏松癥， 神經性關節病等也須鑒別。
