會陰筋膜下膿腫應注意與壞死性筋膜炎鑒別。
壞死性筋膜炎是一種臨床上少見的、但死亡率非常高的、由多種細菌感染引起的壞死性軟組織感染，是一種由于感染造成皮下血管的栓塞導致壞死，同時影響了局部的抵抗能力而使感染加重造成惡性循環，使感染和壞死沿筋膜迅速蔓延而造成軟組織的大范圍、快速壞死的嚴重病癥，如不能及時診斷和妥善處理，可引起毒血癥、敗血癥和感染中毒性休克。
患者起病急，均有發熱，白細胞數顯著增高，肛周及會陰部可見片狀黑色病變，皮下可觸及捻發音，嚴重者大片皮膚及筋膜進行性壞死，波及陰囊、大陰唇，有的到達直腸下段、下腹部、后腰部，面積廣，蔓延速度快。一些病例還合并糖尿病、低蛋白血癥、毒血癥、敗血癥、感染中毒性休克、尿崩癥等。