肝內膽管結石病的主要病理改變是膽道梗阻和感染；由于肝膽管系統與肝臟實質細胞的直接關系，重癥肝膽管炎常伴有嚴重的肝細胞損害，甚至導致大片的肝細胞壞死，成為了良性膽道疾病死亡的主要原因。肝內膽管結石的并發癥包括急性期并發癥和慢性期并發癥。
（一）急性期并發癥
肝內膽管結石病的急性期并發癥主要是膽道感染，包括重癥肝膽管炎、膽源性肝膿腫及伴隨的感染性并發癥。感染的誘因與結石的梗阻和膽道的炎性狹狹窄有關。急性期并發癥不僅死亡率高，而且嚴重影響手術效果。
（二）慢性期并發癥
肝內膽管結石病的慢性期并發癥包括全身營養不良、貧血、低蛋白血癥，慢性膽管炎和膽源性肝膿腫，多發性肝膽管狹窄，肝葉纖維化萎縮，膽汁性肝硬化、門脈高壓癥，肝功能失代償，以及與長期膽道感染和膽汁滯留有關的遲發性肝膽管癌。肝內膽管結石病的慢性期并發癥既增加了手術的困難，也影響手術效果。 [2]