急性Q熱應與流感、布魯氏菌病、鉤端螺旋體病、傷寒、病毒性肝炎、支原體肺炎、鸚鵡熱等鑒別。
Q熱(頭痛)Q熱心內膜炎應與細菌性心內膜炎鑒別：凡有心內膜炎表現，血培養多次陰性或伴有高膽紅素血癥、肝腫大、血小板減少(<10萬>1/200，可予診斷。國外有報告，直接螢光檢測Ⅰ、Ⅱ相IgA呈高效價，用來診斷Q熱心內膜炎。慢性Q熱其它表現也要與相應病因所致疾病鑒別。
