大部分肝性腦病是由各型肝硬化引起（肝炎后肝硬化最多見），也包括治療肝硬化門靜脈高壓的外科門體分流手術，如果連亞臨床肝性腦病也計算在內，則肝硬化患者發生肝性腦病的可達70%，小部分腦病見于重癥病毒性肝炎、中毒性肝炎和藥物性肝病的急性或暴發性肝功能衰竭階段。更少見的病因有原發性肝癌、妊娠期急性脂肪肝、嚴重膽道感染等。
肝性腦病特別是門體分流性腦病常有明顯的誘因，常見的有上消化道出血、大量排鉀利尿、放腹水、高蛋白飲食、安眠鎮靜藥、麻醉藥、便秘、尿毒癥、外科手術、感染等。
