1、急性肝炎
起病與本病很相似，急性肝炎預后良好，很少超過10周病情就有改善，而本病常有多系統損害癥狀，絮狀試驗和球蛋白持續陽性，血清內有自身抗體，可助鑒別，必要時可作肝臟活檢。
2、慢性遷延性肝炎
本病輕型病例或緩解期病例的臨床，生化甚至組織病理改變，均與慢性遷延性肝炎很相似，須長期密切隨訪，積累較多的臨床，生化，免疫學資料，進行綜合分析，才能作出判斷，兩者主要鑒別見表3。
3、自身免疫性疾病
本病有時需與系統性紅斑狼瘡，類風濕性關節炎等自身免疫性疾病相鑒別，系統性紅斑狼瘡雖有多系統損害表現，但肝臟的臨床和病理改變與慢性活動性肝炎有所不同，必要時可作肝穿刺以資鑒別，在血清中找到Sm抗體，為系統性紅斑狼瘡的特征性發現，慢性活動性肝炎若有關節癥狀和類風濕因子陽性，須與類風濕性關節炎相鑒別，但后者一般無活動性肝病表現，本病有時可與類風濕關節炎重疊。
4、原發性膽汁性肝硬化
多見于40～60歲女性，在病程早期甚至在黃疸前期便出現全身瘙癢，高膽固醇血癥，堿性磷酸酶顯著升高等，多數病例線粒體抗體陽性，而這些表現本病則少見，另外，原發性膽汁性肝硬化對激素等免疫抑制劑治療反應不及本病顯著。
5、肝豆狀核變性（Wilson病）
是一種常染色體顯性遺傳性疾病，常有神經系統表現，有時臨床表現可與本病相似，但90%肝豆狀核變性病人的角膜可見有K-F環，血清銅藍蛋白，血銅和尿銅多有增加，但無血清免疫和細胞免疫異常。
6、藥物肝病 有用藥史，如曾服用過酚酞類，甲基多巴等藥物，起病一般緩慢，消化道癥狀較輕，常伴有過敏性表現，如皮疹，嗜酸粒細胞計數高，特異性淋巴細胞轉化試驗陽性，HBsAg呈陰性。