肝穿刺活組織檢查是一種能直接了解組織的病理變化，做出較精確診斷的檢查方法，也是肝臟疾病分類的重要依據，因而肝活檢極其重要。其在病毒性肝炎中有如下作用：
⑴可以明確診斷
臨床診斷疾病往往有一定的偏差，只有病理診斷才確實可靠。有時臨床診斷是急性肝炎，而病理則提示為慢性肝炎的急性發作；臨床診斷是急性或亞急性重型肝炎，而病理提示為在肝硬變的基礎上發生的大塊或亞大塊壞死，即慢性重型肝炎；臨床上診斷慢性肝炎或病毒攜帶者，而病理提示為早期肝硬化等等。還有一些非病毒性肝炎肝損害的患者，單憑血化驗、B超、CT等檢查很難與病毒性肝炎鑒別。例如，張鴻飛曾對1020例小兒肝活檢進行分析，顯示非病毒性肝損害占9.6%（98例），其中病因達18種之多，前五位是：a.與脂類代謝有關的疾病；b.肝豆狀核變性；c.肝糖原儲積癥；d.進行性肌營養不良；e.自身免疫性肝炎。由此，肝活檢可以為肝病的診斷提供重要的線索。
⑵判斷病情、指導治療和預后評估
慢性病毒性肝炎者肝臟的炎癥和纖維化程度與治療及預后有密切的關系，只有臨床癥狀和化驗結果，沒有肝活檢很難作出正確的判斷。例如乙肝病毒攜帶者，經肝穿肝組織活檢發現10%的人肝組織基本正常；70%的人肝組織有輕微的病變；20%的人有慢性活動性肝炎，肝硬化。前80%的人可不需治療，后20%的人則一定要治療。還有重型肝炎的嚴重性與肝細胞壞死的程度有直接的關系。計算肝活檢組織內肝細胞體積的比例，可估計重型肝炎的預后。凡肝細胞體積的比例<10%者全部死亡，>35%者則恢復意識。有人對22例重型肝炎作了多次肝活檢，發現意識恢復的病人，肝細胞再生后肝組織內肝細胞體積的比例>45%。在重型肝炎病人的恢復過程中，復查肝活檢，根據肝細胞恢復程度和纖維組織增生程度，對預后也有一定的參考意義。病理顯示肝細胞破壞嚴重，肝小葉結構紊亂。纖維組織增生多，預示病人將發展到肝硬變。
⑶治療效果的評估
治療的效果不能但憑患者的主觀感覺，實驗室檢查也受到各種因素的影響，而肝活檢比較客觀且確切。
⑷為肝病的發病機理的研究提供了一個重要的手段。
其適應癥：
⑴不明原因的肝腫大，如病毒性肝炎、自身免疫性肝炎、先天性代謝病、肝結核、惡性組織細胞病和肉牙腫等。
⑵鑒別內科性和外科性黃疸，如淤膽型肝炎，原發性膽汁性肝硬變，藥物性肝炎。
⑶判斷病情、預后和療效。禁忌癥：肝昏迷，出血傾向，局部感染，腹水，重度黃疸，肝外阻塞性黃疸，肝包囊蟲病，肝血管瘤。