一、肝臟腫大的鑒別診斷：肝臟腫大但判斷不明者，肝穿有助于查找原因。
二、鑒別引起黃疸的原因：一般通過詢問病史、臨床及實驗室檢查即可確定。但約有15%的黃疸患者仍不能準確判斷，這時候做肝穿可能對確診會有一定的幫助。
三、各種肝臟疾病的鑒別：可用于幫助判斷患者是病毒性肝炎還是中毒性肝損害；是慢性肝炎還是已發展成肝硬化；是肝硬化還是肝腫瘤等等。
四、原因不明的脾腫大:懷疑由肝內病變引起者，或肝脾均腫大而又原因不明者。
五、了解肝病的演變過程：例如確定肝炎為急性、慢性期；慢性肝炎的活動程度及是否演變成肝硬化或肝癌等。
六、觀察治療效果及判斷預后：觀察藥物治療后的病理改變情況，以進一步確定其療效。也可根據肝臟病理改變判斷患者的預后。
七、確定腫瘤的來源：通過肝穿來判斷肝癌是原發的還是繼發的；是肝細胞性還是膽管細胞性。