非創傷性：（1）急性或慢性炎癥和特異性感染，先有彌漫性或局限性腹膜炎，腹腔膿腫的過程，膿腫自行穿破或手術切開后，開始表現為腸外瘺。（2）各種疾病引起的腸絞窄和急性穿孔。（3）腫瘤侵蝕腹壁潰破。
創傷性：（1）人造瘺為治療目的而故意造成者。（2）手術：①因腸壁的縫合不妥，致在縫合處先有腸內容物漏出成為腹內膿腫，以后再自行穿出腹壁或經手術引流而形成腸外瘺。②因誤傷腸套或其血運。③繼腹腔膿腫的引流以后，因引流管位置不當或其它異物的刺激而形成者。④手術方式不妥或錯誤亦可造成腸外瘺。（3）腹部的穿透性損傷、火器傷、刺傷、刀刃傷。（4）放射損傷。