治療應根據患者的具體情況而采用個體化方案，應積極尋找并祛除誘因，減輕癥狀，治療只限于對癥處理。
1.調整飲食
詳細了解病人的飲食習慣及其與癥狀的關系，避免敏感食物，減少產氣食物（奶制品，大豆，扁豆等），高脂肪食物抑制胃排空，增加胃食管反流，加強餐后結腸運動。高纖維素食物（如麩糠）可**結腸運動，對改善便秘有明顯效果。
2.心理和行為治療
對病人進行耐心的解釋工作，具體包括心理治療，生物反饋療法等，對于有失眠，焦慮等癥狀者，可適當予以鎮靜藥。
3.藥物治療
（1）胃腸解痙藥 抗膽堿能藥物最常用，尚可部分拮抗胃結腸反射和減少腸內產氣，減輕餐后腹痛，鈣通道阻滯藥如：硝苯地平（硝苯吡啶）、匹維溴銨。
（2）胃腸道動力相關性藥物 洛哌丁胺、多潘立酮（嗎丁啉）、西沙必利等。
（3）瀉藥 通常避免使用，但對嚴重便秘者可短期使用，首選半纖維素或滲透性瀉藥，睡前服乳果糖15——30ml,效果亦較好，尤其適用于老年人。
（4）精神藥物 對具有明顯精神癥狀的患者，適當予以鎮靜劑，抗抑郁藥，抗焦慮藥有一定幫助。
（5）消除胃腸道脹氣 二甲硅油，藥用炭（活性炭）具有消氣去泡作用，臨床常用。
（6）腸道益生菌 部分腹瀉型患者可能有腸道菌群的紊亂，應用腸道益生菌類制劑有幫助。
（7）其他 5-HT4受體部分激動藥替加色羅對便秘型IBS有效，并可明顯改善患者的腹痛癥狀，5-HT3受體拮抗藥阿洛司瓊對腹瀉為主的IBS有效。